La frazione di San Nazzaro è nata dall’omonimo Comune che a sua volta, in quanto entità politica nasce con decreto legislativo del 12 giugno 1929 dall'aggregazione fra l’allora Comune di Vairano, che all'epoca contava circa 250 abitanti, e quello di Casenzano, ridotto ormai ad una quarantina di abitanti (rispetto al centinaio del periodo di maggiore popolamento).
Alla storia recente dell'organismo comunale fanno da contrappunto le vicende delle terre che lo compongono, che da secoli si intrecciano ed associano nella condivisione della medesima realtà economica e sociale e nell'appartenenza, in particolare, a due entità comuni: la Comunità della Riviera del Gambarogno e la parrocchia di San Nazzaro.
La Riviera del Gambarogno si estendeva sul lato sinistro del Verbano, e comprendeva il territorio delle frazioni di Contone, Magadino, Vira, San Nazzaro, Piazzogna, Gerra, S. Abbondio, Caviano e Indemini. Nel 1487 essa ottenne dal conte Giovanni Rusca la separazione dalla grande comunità di Locarno, della quale fino ad allora aveva fatto parte, pur godendo dello statuto di comune forense che già le garantiva una discreta autonomia.
Il Gambarogno anticamente costituiva una sola vicinanza, con Vira quale primo centro. Più tardi però questo ruolo passò a San Nazzaro dove, sul sagrato della chiesa, si tenevano le assemblee della comunità. Centralità che del resto venne ribadita anche dopo l'indipendenza cantonale, poiché nel 1803 San Nazzaro divenne la sede della circoscrizione giudiziaria del Gambarogno.
Anche dal punto di vista religioso, per molto tempo Vira, dove (probabilmente nel V-VI secolo) era sorta la chiesa di S. Pietro, matrice di tutte le cappelle della riviera, rimase il punto di riferimento per tutto il Gambarogno. Le cose cambiarono a partire dalla metà del Cinquecento, quando la grande parrocchia che coincideva con i confini della vicinanza cominciò a frazionarsi in parrocchie più piccole. La parrocchia di San Nazzaro, creata nel 1558, era formata da Vairano, Casenzano ed Alabardia (oggi frazione di Piazzogna). Essa era gestita dall'assemblea del Chiesato, che riuniva i vicini di queste terre.
L'economia di San Nazzaro, al pari di quella delle altre zone del Gambarogno, era caratterizzata da un sistema fondato sull'agricoltura, l'allevamento e la selvicoltura. La pesca aveva invece una incidenza solo marginale. Anche i trasporti non integravano in maniera significativa i redditi derivanti dall'attività agropastorale, malgrado il villaggio si trovasse su una delle più importanti vie di transito fra il nord e il sud delle Alpi.
Come nel resto del Gambarogno, anche a San Nazzaro l'arcaica organizzazione economica non garantiva una produzione sufficiente per sfamare tutti gli abitanti e perciò la pressione demografica veniva smaltita attraverso l'emigrazione. Sin dal XV secolo l'emigrazione era un fenomeno ben ancorato in tutta la regione, con i maestri di muro gambarognesi che si recavano all'estero a svolgere la loro opera.
