Das Dorf San Nazzaro entstand aus der gleichnamigen Gemeinde, die ihrerseits durch eine Verordnung vom 12. Juni 1929 aus der Zusammenlegung der einstigen Gemeinden Vairano mit damals rund 250 Einwohnern und Casenzano mit noch etwa 40 Einwohnern (gegenüber den 100 zum Zeitpunkt der stärksten Besiedelung) als politische Gemeinde hervorging.
Der jüngeren Gemeindegeschichte stehen die Geschicke der zu ihr gehörenden Gebiete gegenüber, die seit Jahrhunderten die gleiche wirtschaftliche und soziale Wirklichkeit und vor allem auch die Zugehörigkeit zur Riviera del Gambarogno und der Pfarrei von San Nazzaro verbindet.
Die Riviera del Gambarogno erstreckte sich am linken Ufer des Verbano und umfasste das Gebiet der Ortschaften Contone, Magadino, Vira, San Nazzaro, Piazzogna, Gerra, Sant’Abbondio, Caviano und Indemini. 1487 erreichte Graf Giovanni Rusca die Trennung von der grossen Gemeinde Locarno, zu der sie bis dahin gehört hatte, obwohl sie dank einer eigenen Gerichtsbarkeit schon über eine gewisse Autonomie verfügte.
Einst war das Gambarogno eine einzige Ortsbürgergemeinde, deren erstes Zentrum Vira war. Später nahm dann San Nazzaro diese Rolle ein und man hielt die Gemeindeversammlungen auf dem Kirchplatz des Orts ab. San Nazzaro behielt seine zentrale Rolle auch nach der Unabhängigkeit des Kantons, denn 1803 wurde es Sitz des Gerichtsbezirks von Gambarogno.
Auch unter religiösen Gesichtspunkten war Vira, mit der wahrscheinlich im 5. oder 6. Jahrhundert erbauten Kirche San Piero – die das Vorbild für alle Kapellen an der Riviera war – über lange Zeit der Mittelpunkt des gesamten Gambarogno. Diese Situation änderte sich, als ab Mitte des 16. Jahrhunderts die grosse Pfarrei, die mit den Grenzen des Gebiets übereinstimmte, in kleinere Pfarreien zerfiel. Die 1558 geschaffene Pfarrei von San Nazzaro bestand aus Vairano, Casenzano und Alabardia (heute ein Ortsteil von Piazzogna). Sie wurde von der Versammlung des Chiesato verwaltet, einer Vereinigung der Bürger dieser Gebiete.
Wie auch in den anderen Gebieten des Gambarogno beruhte die Ökonomie von San Nazzaro auf der Landwirtschaft, der Viehzucht und der Forstwirtschaft. Die Fischerei hingegen spielte eine untergeordnete Rolle. Das Transportwesen wurde ebenfalls wenig genutzt, um die Einnahmen aus Landwirtschaft und Viehzucht aufzubessern, obwohl der Ort sich an einer der wichtigsten Verbindungswege zwischen den nördlichen und südlichen Alpen befand.
Ebenso wie im übrigen Gambarogno reichte auch in San Nazzaro das archaische Wirtschaftsystem nicht aus, um eine Produktion zu gewährleisten, die das Auskommen aller Einwohner sicherte, so dass der demografische Druck zu Abwanderung führte. Ab dem 15. Jahrhundert wurde die Emigration zu einem weit verbreiteten Phänomen und die Maurermeister aus Gambarogno gingen ins Ausland, um dort ihr Handwerk auszuüben.
